Nouvelle publication du labo Schnupf dans Nature communications
Les bactéries filamenteuses segmentées sont des commensales intestinales humaines présentes dans le monde entier
Segmented filamentous bacteria are worldwide human gut commensals - Nature Communications, 05 March 2026
Le laboratoire Host-Microbiota Interaction lab, dirigé par Pamela Schnupf, a découvert, en collaboration avec des chercheurs de l’Institut Pasteur, de l’Institut Imagine, de l’Université du Maryland et des investigateurs du consortium GEMS, une bactérie commensale intestinale humaine appartenant au groupe des bactéries filamenteuses segmentées (SFB), et mis en évidence une diversité inattendue des SFB chez l’humain à l’échelle mondiale.
Chez la souris, les SFB murines constituent une bactérie clé aussi bien en physiologie qu’en pathologie, en raison de leur puissant potentiel immunostimulant lié à leur attachement intime à l’iléon. Dans cette étude publiée dans Nature Communications, les postdoctorants Shashi Kiran et Ana Raquel Cruz identifient et caractérisent une nouvelle espèce bactérienne, nommée Anisomitus miae, au sein du microbiote intestinal d’enfants maliens, et établissent cette espèce comme espèce type de nomenclature du genre SFB. Cette espèce présente la morphologie et la composition génomique caractéristiques des SFB, tout en possédant des caractéristiques génomiques jusqu’alors inconnues, notamment un module de capture et de dégradation de l’amidon et du glycogène capable de lier différents maltooligosaccharides.
Grâce à des analyses bioinformatiques de données métagénomiques et de séquençage du gène 16S rRNA, la lignée A. miae a été identifiée comme fréquente en Afrique, y compris au sein de populations autochtones, suggérant une association ancienne avec l’être humain. L’identification bioinformatique des SFB basée sur la région V3-V4 du gène 16S rRNA a également permis de mettre en évidence un total de quatre lignées majeures et au moins deux lignées mineures de SFB à travers le monde, dans 44 pays et sur tous les continents habités. La lignée A. miae présente par ailleurs une dynamique de colonisation similaire à celle observée chez la souris, avec un pic de colonisation bref mais marqué au début de l’enfance, puis une abondance relative très faible par la suite.
Cette étude établit l’existence chez l’humain d’une espèce de SFB présentant une morphologie et une séquence génomique caractéristiques des SFB, met en évidence la présence d’au moins six lignées humaines de SFB dans la population mondiale, officialise le nom du genre SFB et apporte des arguments en faveur du fait que les SFB constituent probablement des membres fréquents, bien que minoritaires, du microbiote intestinal humain.
Lisez l'article ici : https://doi.org/10.1038/s41467-026-70010-4
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