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Plasticité du génome et infections

Laurence Arbibe
Description de l'équipe

Les objectifs de recherche de notre équipe se concentrent sur le démêlage des dysfonctionnements de l'ARN sous-jacents à l'inflammation, avec un accent particulier sur les maladies inflammatoires de l'intestin. Nous sommes dédiés au développement de nouvelles cibles et approches immuno-thérapeutiques pour prévenir et traiter les infections bactériennes, y compris celles causées par des souches multi-résistantes et les souches pan-résistantes, en identifiant les facteurs bactériens interagissant avec les systèmes inflammatoires et immunitaires de l'hôte.

L'inflammation est au cœur de nombreuses maladies, de la septicémie, au cancer et au vieillissement. Pour relever ces défis, nous explorons les mécanismes à l'origine de l'inflammation incontrôlée. Les maladies Inflammatoires Chroniques de l'Intestin (MICI) servent de modèle d'étude. Notre concept, un épissage de l'ARN conduisant à des produits avec des propriétés pro-inflammatoires et pro-vieillissement. Comprendre comment le corps protège les processus d'édition de l'ARN pendant le stress pourrait transformer la recherche sur l'inflammation et offrir des thérapies potentielles.

Dans les MICI, certaines souches bactériennes comme E. coli adhérent/invasif (AIEC) sont à l'origine de poussées. En utilisant le séquençage avancé, nous dévoilons les processus génomiques des facteurs de virulence de l'AIEC et leur lien avec l'inflammation,.

Notre approche révèle également des cibles pour des thérapies révolutionnaires. Des anticorps encodés par ARNm aux anticorps monoclonaux polyvalents ou encore des anticorps combinés à des peptides antimicrobiens, nous ouvrons de nouvelles voies pour le traitement de l'inflammation et de la septicémie.

Les objectifs de notre équipe sont :

  1. Décrypter les mécanismes liés à l'ARN modulant l'inflammation : élucider les fonctions métaboliques de l'ARN du régulateur épigénétique et d'épissage de l'ARN, la protéine 1 de l'hétérochromatine HP1.
  2. Démêler les facteurs de virulence de l'AIEC sous-jacents à l'état inflammatoire de la MICI : à l'aide d'un modèle murin de MICI et de TnSeq, nous allons (i) décrypter le rôle pathogène de l'AIEC dans la MICI et (ii) découvrir de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles.
  3. Développer de nouvelles approches pour prévenir ou traiter les infections, y compris celles causées par des bactéries multi-résistantes.

En résumé, notre objectif est de mieux comprendre l'inflammation, avec la MICI comme modèle d'étude. De nouvelles connaissances pourraient changer notre perception du processus inflammatoire, permettant ainsi d'offrir des stratégies thérapeutiques novatrices.

Publications clés
Mata-Garrido J, Xiang Y, Chang-Marchand Y, Reisacher C, Ageron E, Guerrera IC, Casafont I, Bruneau A, Cherbuy C, Treton X, Dumay A, Ogier-Denis E, Batsché E, Costallat M, Revêchon G, Eriksson M, Muchardt C, Arbibe L. The Heterochromatin protein 1 is a regulator in RNA splicing precision deficient in ulcerative colitis. Nat Commun. 2022; Nov 18;13(1):6834. doi: 10.1038/s41467-022-34556-3. PMID: 36400769 ; PMCID: PMC9674647.
Pons S, Frapy E, Sereme Y, Gaultier C, Lebreton F, Kropec A, Danilchanka O, Schlemmer L, Schrimpf C, Allain M, Angoulvant F, Lecuyer H, Bonacorsi S, Aschard H, Sokol H, Cywes-Bentley C, Mekalanos JJ, Guillard T, Pier GB, Roux D, Skurnik D. A high-throughput sequencing approach identifies immunotherapeutic targets for bacterial meningitis in neonates. EBioMedicine. 2023; Feb;88:104439. doi: 10.1016/j.ebiom.2023.104439. PMID: 36709579 ; PMCID: PMC9900374.
Meijer BM, Jang SM, Guerrera IC, Chhuon C, Lipecka J, Reisacher C, Baleux F, Sansonetti PJ, Muchardt C, Arbibe L. Threonine eliminylation by bacterial phosphothreonine lyases rapidly causes cross-linking of mitogen-activated protein kinase (MAPK) in live cells. J Biol Chem. 2017; May 12;292(19):7784-7794. doi: 10.1074/jbc.M117.775940. PMID: 28325837 ; PMCID: PMC5427260.
Sereme Y, Schrimpf C, Lefebvre-Wloszczowski E, Agapoff M, Faury H, Chang Marchand Y, Agiron-Ardila E, Panafieu E, Blec F, Coureuil M, Frapy E, Bonacorsi S, Skurnik D. Pre-clinical in vitro and in vivo characterization of a maternal vaccination before conception to protect against severe neonatal infections caused by Escherichia coli K1. BioRxiv. 2022; doi: https://doi.org/10.1101/2022.12.29.522168.
Reisacher C, Saifi E, Ageron-Ardila E, Theodor Mallmann R, Klugbauer N, Skurnik D, Arbibe L. . doi: 10.1101/2022.11.28.518194. The human-specific miR-6762-5p is an activator of RhoA GTPase enhancing Shigella flexneri intercellular spreading. BioRxiv. 2022; doi: https://doi.org/10.1101/2022.11.28.518194.
Financements & subventions